Ülkede “Vadi’n-Natrun Hapishanesi Olayı” olarak da bilinen “hapishaneler baskını” davasında, 106’sı firari ve 25’i tutuklu 131 sanık, 25 Ocak 2011’de Cumhurbaşkanı Hüsnü Mübarek’in devrilmesiyle sonuçlanan halk ayaklanmasında, “11 hapishane ve karakola saldırarak, 3 subayı kaçırmakla” suçlanıyor.
İlk duruşması 28 Ocak 2014’te yapılan davada, Mursi ve diğer sanıkların Ocak 2011’deki devrim sırasında “Gazze’den sızan yüzlerce kişi tarafından pek çok hapishaneye baskın düzenlenerek Vadi’n-Natrun Hapishanesi’nden kaçtığı iddia ediliyor.